Arkham Knight speelt zich een jaar na de gebeurtenissen van Arkham City af. The Joker is dood en de hoeveelheid criminaliteit is zwaar verminderd. Toch is er een groep schurken die samenkomt om voor eens en voor altijd van Batman af te komen. Juist doordat The Joker er niet meer is, is het voor hen duidelijk dat zij makkelijk hun krachten kunnen bundelen.