Castlevania: Order of Ecclesia speelt zich af na de tijden dat Richter Belmont, de heerser van Castlevania, regeerde over het land. Als Richter op mysterieuze wijze verdwijnt gaat het snel bergafwaarts in Castlevania. De eens zo machtige jagers zijn uitgeroeid door vampiers en in het land heerst totale chaos. Dracula en zijn legers hebben vrij spel, nu de eens zo machtige jagers niet meer leven. Het is dus aan de mensen om Dracula en zijn onderdanen uit te roeien. Hiermee is de Order of Ecclesia geboren.

De Order of Ecclesia is samengesteld uit de beste magiërs ter wereld. Door hun magische talenten zijn ze in staat de energie van ‘Glyphs’ te controleren en om te zetten naar kracht. Deze Glyphs, bestaande uit de zielen van geesten, bevatten mysterieuze krachten. Het meisje Shanoa is extreem bedreven in de magische kunsten. Met de order van Ecclesia achter zich staat ze aan het begin van een oorlog op de legendarische gronden van Castlevania.

Castlevania: Order of Ecclesia is een zogenaamde "side-scrolling" actie-game. Dit houdt in dat je de game van de zijkant bekijkt. Tijdens je strijd tegen de vampiers kom je zowel binnen als buiten. Alle objecten die je tegenkomt op je avonturen kun je ruilen met andere spelers via de online verbinding van de DS. Via deze verbinding kun je bovendien ook vechten tegen een andere spelers.