Arion Sherwind en zijn beroemde voetbalteamgenoten zijn terug in een nieuw avontuur, maar er is iets ernstig mis in Raimon Junior High. Wanneer Arion ontdekt dat voetbal uit de wereld is verdwenen, moet hij achterhalen wat er is gebeurd en zorgen dat deze sport terugkeert. Reis door de tijd en creëer het ultieme elftal om voetbal weer in de wereld te brengen in Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire en Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash.

Het verhaal begint als Arion Sherwind tot zijn schrik ontdekt dat opeens niemand de legendarische voetbalhelden van Raimon Junior High meer kent. Waar ooit machtige voetbalstadions stonden, liggen nu honkbalvelden. Kinderen spelen geen straatvoetbal meer, maar houden zich bezig met basketbal, gym, muziek en kalligrafie. In een parallelle wereld waar voetbal niet langer bestaat, moet Arion ontdekken wat er gebeurd is met deze prachtige sport. Tijdens zijn missie moet hij de schimmige plannen van El Dorado - de wereldwijde raad van bestuur - dwarsbomen en het opnemen tegen tijdbuigende schurken, allemaal om voetbal terug in de wereld te brengen.

Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire en Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash bieden spelers toegang tot spannende nieuwe en innovatieve mogelijkheden, zoals de Miximax-functie waarmee aura s van twee spelers gemengd kunnen worden om ze te versterken. Miximaxing biedt grond aan talloze samenstellingen van spelervaardigheden en stat-boosts. In combinatie met de draagbare 'armourfied' Fighting Spirits bevatten Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire en Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash uitgebreidere mogelijkheden dan ooit om teams te bouwen.

Het Fighting Spirit-systeem - waarmee spelers krachtige wezens kunnen oproepen die de eigenschappen van spelers versterken en special moves mogelijk maken - is terug en beter dan ooit. Spelers hebben nu de mogelijkheid om Fighting Spirits als pantsers te gebruiken, waarbij de 'armourfied' Fighting Spirit de speler omhult als een harnas, al zijn eigenschappen versterkt en nóg krachtigere special moves mogelijk maakt.

Zoals gebruikelijk in de Inazuma-serie bevat elk van de twee versies unieke content, inclusief verschillende verhaallijnen, personages, voorwerpen en tussenfilmpjes. Net als in vorige delen is het weer mogelijk om via draadloze communicatie met vier speler samen te spelen. Vanaf de lancering komen ook extra personages en voorwerpen beschikbaar als downloadbare content, zodat spelers hun teams nog verder kunnen versterken.

De winnende formule waarin Role Playing Game en voetbalactie samengaan krijgt een nieuwe dimensie met een tijdverschuivende verhaallijn en innovatieve extra's in Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire en Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash.