Rune Factory 3: A Fantasy Harvest Moon is een mix van een action RPG en een simulatiegame. Het onderhouden van je volk, dorp, en woning is net zo belangrijk als het doorlopen van het avontuur in Rune Factory 3! In Rune Factory 3: A Fantasy Harvest Moon is er een probleem in een gebied dat ooit heel erg vredig was. De mensen uit het plaatsje Sharance en hun buren uit Univir, die beschikken over kleine hoorntjes op hun hoofd, hebben ruzie. Micah is een avontuurlijke jongen met een geheim: hij is half-monster! Het is zijn taak om de mensen en de Univir tot elkaar te brengen, voordat kwade krachten beide volken zullen vernietigen. Naast de bekende features uit eerdere Harvest Moon-games, biedt Rune Factory 3 diverse nieuwe mogelijkheden. Zo zullen vrienden uit de dorpen jou bijstaan tijdens een gevecht. Hun unieke vaardigheden kunnen erg nuttig zijn. Bovendien kan hoofdpersonage Micah veranderen in een monster om zo extra sterk voor de dag te komen. Als monster krijg je natuurlijk weer nieuwe krachten om in te zetten in het gevecht. Een nieuwe multiplayer-modus moet het mogelijk maken om met drie spelers door duistere kerkers te reizen. Hier vind je monsters, maar ook schatten om je personage sterker te maken. Elk risico brengt een beloning met zich mee in Rune Factory 3: A Fantasy Harvest Moon!