Secret Agent Clank gebruikt dezelfde engine als het deel van Ratchet & Clank op de PSP. Dit keer is de robot sidekick Clank de hoofdrolspeler.

Secret Agent Clank speelt zich af na Size Matters en voor Tools of Destruction. Secret Agent Clank moet Ratchet helpen wanneer hij vals wordt beschuldigd van een misdaad. Onderzoek de aantijgingen en red Ratchet.