Het vervolg op Siphon Filter van vorig jaar , Siphon Filter 2, voegt nieuwe functies toe, zoals een modus voor twee spelers, nieuwe locaties, nieuwe wapens en meer.

Het spel is te vergelijken met Goldeneye op de N64. Het is een shooter, maar je moet ook strategie gebruiken. Je hebt een gezondheidsmeter, dus het is geen "one shot and you're dead" -spel. Je moet missies voltooien of vechten in een deathmatch met je vrienden of vijanden.

De plot gaat over het feit dat je de verkoop van het Siphon Filter-virus aan een terroristische natie moet voorkomen.